Został założony w 1870 przez grupę osób wywodzących się z burżuazji finansowej, ziemiaństwa i inteligencji. Inicjatorem był finansista Leopold Kronenberg (1812-1878). Jest jednym z najstarszych banków w Polsce i w Europie. Pierwszym prezesem banku był Józef Zamoyski. Już w 1872 bank posiadał filie i oddziały w Petersburgu, Moskwie, Berlinie, Gdańsku (
Commerzbank in Warschau), Szczecinie i Łodzi oraz przedstawicielstwa we Włocławku, Płocku, Grójcu, Guzowie, Lublinie i Rawie Mazowieckiej. W następnych latach oddziały otwierano w kolejnych miastach, tym w Łodzi i Sosnowcu (1895), Częstochowie (1897), Lublinie (1898) i Kaliszu
(1898). W pierwszych latach XX wieku Bank Handlowy był największym
prywatnym bankiem na ziemiach polskich i jednym z niewielu prowadzących
obsługę finansową handlu z Rosją i Europą Zachodnią. W okresie tym
obroty banku wahały się na poziomie 2 mld rubli co było sumą większą od ówczesnego budżetu Imperium Rosyjskiego. Bank wniósł znaczący wkład w budowę sieci kolejowej i ważnych zakładów przemysłowych na terenie Królestwa Polskiego.
Bank nie przerwał swojej działalności w okresie obu wojen światowych
jedynie ograniczając działalność. W czasie II wojny światowej oddziały
banku na terenach włączonych do Rzeszy zostały zlikwidowane, zaś te na
terenie Generalnego Gubernatorstwa
działały pod ścisłą kontrolą władz okupacyjnych. Reaktywowany w 1945,
bank początkowo obsługiwał prywatne przedsiębiorstwa przemysłowe i
handlowe oraz niektóre spółdzielnie. Jako jeden z trzech banków uniknął
po wojnie formalnej nacjonalizacji. Poddany został jednak kontroli
rządowego komisarza a państwo przejęło znaczącą ilość akcji. W okresie
istnienia Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej był jednym z dwóch banków (obok Pekao S.A.), działających w formie spółki akcyjnej.
Po 1945 Bank Handlowy został głównym polskim korespondentem banków
zagranicznych, a w 1964 uzyskał oficjalnie monopol na obsługę transakcji
polskiego handlu zagranicznego. Spowodowało to w konsekwencji
zbudowanie największej spośród ówczesnych polskich instytucji
finansowych sieci banków korespondentów, otwarcie oddziału w Londynie, przedstawicielstw zagranicznych w Nowym Jorku, Moskwie, Belgradzie, Rzymie i Berlinie oraz afiliacji w Wiedniu, Luksemburgu i Frankfurcie.
Po 1989 bank stracił uprzywilejowaną pozycję w handlu zagranicznym i
zaczął przekształcać się stopniowo w bank handlowy, otwierając liczne
oddziały w kraju.
W okresie przemian ustrojowych bank odegrał istotną rolę w skandalu Funduszu Obsługi Zadłużenia Zagranicznego.
Znaczna część operacji walutowych FOZZ prowadzona była właśnie za
pośrednictwem Banku Handlowego. Podczas kontroli przeprowadzonej w banku
przez NIK w latach 1991-1992 ujawniono liczne nieprawidłowości ujawnione w protokole pokontrolnym
Działalność dewizowa Banku Handlowego,
którego autorem była inspektor Halina Ładomirska. W raporcie wykazano,
że w okresie kontroli bank prowadził działalność dewizową na szkodę
polskiej gospodarki i oszacowano straty w ciągu tych dwóch lat na 5-10
mld dolarów. W 1997 dokonano prywatyzacji banku.